Journalisten Laura (Laura Gemser) går undercover som fange i et berygtet kvindefængsel. Hun må snart erfare på sin egen krop, at tingenes tilstand inden for murene er langt værre, end hun kunne forestille sig. Under ledelse af en vanvittig direktør og en sadistisk fangevogter straffes fangerne på brutal og fornedrende vis, når de har forbrudt sig mod reglementet. Da Lauras virkelige hensigter opdages, sidder hun for alvor i saksen, og for at sandheden skal komme frem og Laura slippe bort i live, må hun flygte fra fængslet.

Emanuelle i kvindefængslet er en af milepælene indenfor exploitation-genren WIP-film (d.v.s. Women in Prison). Genren har rødder tillbage til 30erne, men det var først i 70erne, at den slog igennem for alvor, da det blev muligt at tilføre rigelige mængder af vold og sex til handlingen.